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मुख्य सचिव अण्डमान तथा निकोबार प्रशासन में सिविल सेवाओं के प्रमुख हैं । वे सभी नीतिगत एवं प्रशासनिक मामलों के लिए माननीय उप राज्यपाल के प्रधान सलाहकार है । वे प्रशासन के अन्य अधिकारियों और कर्मचारियों का मार्गदर्शन एवं नेतृत्व करते हैं । वे अण्डमान तथा निकोबार प्रशासन के विभिन्न विभागों तथा केंद्र सरकार के विभिन्न विभागों एवं संगठनों के बीच समन्वय स्थापित करने की भूमिका निभाते हैं ।
इसके अलावा वे निम्नलिखित पदभार एवं कार्यों को देखते हैं :-

मुख्य सतर्कता अधिकारी
अध्यक्ष(पत्तन प्रबंधन बोर्ड)
सभी विभागों के नीतिगत विषय/मामलें
अध्यक्ष(अण्डमान तथा निकोबार द्वीपसमूह एकीकृत विकास निगम लिमिटेड)
अध्यक्ष(व्यावसायिक एवं तकनीकी शिक्षा प्रोन्नति सोसाइटी)
अध्यक्ष(अण्डमान तथा निकोबार द्वीपसमूह खादी एवं ग्रामोद्योग बोर्ड)
संसदीय मामलें